В директорию субдомена subdomain.domain.com (subdomain.com), в .htaccess добавьте следующие строки:
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^subdomain.domain.com
RewriteRule (.*) http://subdomain.com/$1 [R=301,L]
Это будет выполнять permanent redirect на новый домен. Через некоторое время поисковики "забудут" о subdomain.domain.com, т.к. получение 301 кода подразумевает "постоянное перемещение".
Код 302, к примеру, обозначает временное перемещение и используется к примеру что бы перебрасывать пользователей с всех страниц (иначе он переиндексирует страницу когда там нет информации) на определенную на которой указывается что ведутся временные работы на сайте или в других аналогичных случаях. Тогда поисковые системы не будут "забывать" о существующих в базе адресах.