Такова архитектура строения хоста на виртуальном UNIX - хостинге. При добавлении дополнительного домена, работающего как отдельный сайт, поддомен, ведущий в эту же папку создается автоматически. Это ограничение является ограничением CPanel, обойти его, к сожалению, нельзя.